واحدهای سیزده گانه نیروگاه شهیدرجایی هرساله به منظور اطمینان از عملکرد در تولید انرژی الکتریکی پایدار، متناسب با ساعت کارکرد و براساس دستورالعمل‌های مربوطه تحت تعمیرات اساسی، نیمه اساسی و دوره‌ای قرار می‌گیرند.